A cselekmény a Shadows of Chernobyl eseményeinek végén bontakozik ki, közvetlenül azután, hogy az Agyperzselőt deaktiválták. Az O-tudatot képviselő tudóscsoportot megsemmisítették, de ennek ellenére folytatódott az úgynevezett Monolit Ügynökök toborzása, és sok stalkert sikerült irányítani...