1986. április 26. éjjelén nagy erejű robbanás pusztította el a Csernobil Atomerőmű négyes reaktorblokkját. A szél által elsodort radioaktív por részben a Szovjetunió területére hullott ki, de Európában is kialakultak radioaktív gócok, sőt, a szennyezés még Amerika partjaiig is eljutott.

A balesetnek olyan súlyos következményei voltak, hogy a Szovjetunió kormánya kénytelen volt evakuálni a környező települések lakosságát.
A szennyezett területet az erőmű harminc kilométeres környezetében szigorúan őrzött tiltott zónává nyilvánították.
Miután vasbeton szarkofágot emeltek a megsemmisült reaktor fölé, Csernobil újra működni kezdett. A nagy teljesítményű energiaforrás és a lakosság hiánya lehetővé tette egy elzárt, titkos laboratórium-rendszer létrehozását.

2006. június 10. A zónát hirtelen elviselhetetlen erejű fény árasztotta el. Pár másodpercre minden elcsendesedett, a felhők elpárologtak az égről. Aztán szörnyű dübörgés következett, a föld megrázkódott, és a határzónát őrző katonák nagy része azonnal meghalt.

2007. A tudósok még mindig nem tudnak egyértelmű magyarázatot adni a történtekre. Az expedíciók kivétel nélkül tragédiában végződnek, a ritka túlélők pedig hihetetlen képességű, mutálódott állatokról beszélnek.

2009. A tiltott zónában különböző becslések szerint száz és háromszáz közötti számú ember tartózkodik. Ezek az emberek „stalker-eknek” nevezik magukat, és azért maradtak a Zónában, hogy úgynevezett képződményeket, nagy értékű rendellenes anyagformációkat, relikviákat keressenek.

2010. A határzóna körül felállított kordon ellenére egyre nagyobbak a stalker-expedíciók. De csak a Zóna peremterületeit derítik fel; a középpontba történő behatolások rendre kudarccal végződnek.

A S.T.A.L.K.E.R. Call of Pripyat eseményei röviddel az első rész (S.T.A.L.K.E.R. Shadow of Chernobyl) befejezése után bontakoznak ki, amikor 2012-ben egy Lövész (Strelok) becenevű stalker megfejti az Agyperzselő, egy hatalmas, az emberi agy elpusztítására képes adóberendezés rejtélyét, és kikapcsolja azt. A stalker-ek tömegesen indulnak a Zóna középpontjába; egyesek a legendás képződmény-aranybányát, mások pedig nem kevesebbet, mint magát Kívánságteljesítőt keresik.

Az új körülmények hatására az Ukrán Nemzetbiztonsági Hivatal azonnali hatállyal elrendeli a „Légihíd” kódjelű titkos művelet végrehajtását. A rendellenes területekről korábban készült térképeket használva tucatnyi, katonákat szállító helikopter indul a Csernobil Atomerőműhöz. A gondos felkészülés ellenére a művelet kudarccal végződik: egyetlen helikopter sem tér vissza a bázisra.
Hogy megállapítsa, miért fulladt kudarcba a művelet, az SZBU útnak indítja Gyigtyarjov őrnagyot ( a főhőst), aki korábban tapasztalt sztalker volt. Kétheti ellátmánnyal, egy rohamkarabéllyal, és egy rádióval a parancsnoksággal történő kapcsolattartáshoz, az őrnagy megkezdi útját a Zóna mélye felé…

Trailer: